Si se realizan actividades por cuenta ajena y por cuenta propia simultáneamente, encuadrables en dos Regímenes distintos de la Seguridad Social, se debe figurar de alta y cotizar en ambos Regímenes.
En primer lugar, hay que determinar si procede encuadrar la situación del trabajador en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos. El artículo 2º del Decreto 2530/1970, de 20 de Agosto, regulador del Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA), define al trabajador por cuenta propia o autónomo como aquél que realiza de forma habitual, personal y directa, una actividad económica a título lucrativo, sin sujeción por ella a contrato de trabajo y aunque utilice el servicio remunerado de otras personas. En cualquier caso, será la Administración de la Tesorería General de la Seguridad Social que le corresponda la que, a la vista de la documentación concreta, le indique si procede o no su encuadramiento en el RETA.
En lo referente a cotización, la normativa actual en materia de Seguridad Social no prevé ningún descuento en la cotización si por razón de su actividad laboral debe estar incluido simultáneamente en los Regímenes General y de Trabajadores Autónomos.
La doble cotización o pluriactividad, podrá dar derecho al devengo de prestaciones por cada uno de los Regímenes en los que se encuentre dado de alta, cuando se acrediten las correspondientes cotizaciones superpuestas y siempre que se cumplan los requisitos exigidos por cada Régimen para alcanzar derecho a las mismas.
Fuente: TGSS
Aún se puede decir algo más 
2 respuestas a «¿Se puede compatibilizar el trabajo por cuenta propia y ajena?»
¿Y como funciona si el trabajo por cuenta ajena no es habitual?
«En cualquier caso, será la Administración de la Tesorería General de la Seguridad Social que le corresponda la que, a la vista de la documentación concreta, le indique si procede o no su encuadramiento en el RETA»
O sea, que es TGSS quien decide.